Capul Sfântului Ioan Botezătorul a fost îngropat de Irodiada într-un loc ascuns din curtea palatului său. Nu ştia de aceasta decât Ioana, soţia lui Huza, intendentul (administratorul) lui Irod Antipa, care, după cum arată Sfântul Evanghelist Luca în Evanghelia sa (8, 3), a fost una din femeile mironosiţe. Ioana a luat capul prorocului şi l-a îngropat în Muntele Eleonului.
După un timp, Inochentie, unul dintre slujitorii de seamă ai lui Irod, şi-a cumpărat un loc din Muntele Eleonului, şi-a făcut o chilie şi s-a retras în ea în chip sihăstresc. Zidind lângă chilie o bisericuţă de piatră, a găsit capul Sfântului Ioan, însă imediat l-a îngropat la loc. Inochentie a murit luând cu sine această taină. După aproape 300 de ani, adică în zilele împăratului Constantin cel Mare (306-337), Sfântul Ioan Botezătorul s-a arătat la doi călugări, poruncindu-le să sape locul şi să dezgroape cinstitul său cap, aceasta fiind prima aflare a lui.
Pe când călugării se întorceau cu capul proorocului într-un sac, s-au întâlnit cu un olar şi i-au dat acestuia să ducă sacul. Pentru această stare de lenevire a celor doi călugări, Sfântul Ioan a îndemnat pe olar să fugă cu sac cu tot. Ajungând în propria casă, olarul a văzut că se învrednicea de multe binefaceri şi ştiind că acest lucru se datorează prezenţei capului Sfântului Ioan Botezătorul, a început să îl cinstească împreună cu familia sa. Simţind că i se apropie sfârşitul, olarul a pus capul prorocului într-o raclă şi l-a dăruit surorii sale, sfătuind-o să-l cinstească şi să nu-l deschidă până când însuşi sfântul îi va porunci. În acest fel, racla a ajuns din mână în mână în grija unui monah pe nume Eustatiu.
Acesta trăia într-o peşteră din apropierea oraşului Emesa din Siria. Deşi monahul Eustatiu era arian, la peştera lui se făceau minuni, datorită sfântului cap. Eustatiu a fost izgonit din peşteră şi trimis în exil. În peştera lui au intrat ulterior nişte monahi credincioşi, care mai târziu au zidit în apropiere o mănăstire. În anul 452, arhimandritul Marcel, stareţul acelei mănăstiri, a aflat capul sfântului în chip minunat, văzând foc mare la peştera de lângă oraşul Emesa în timpul cântării psalmilor, aceasta fiind cea de-a doua aflare a Capului Sfântului Ioan, Înaintemergătorul Domnului. În anul 850, cinstitul cap a fost aflat pentru a treia oară în chip minunat, patriarhul Ignatie ducându-l în Constantinopol.
